確認検査業務について、行政の建築主事のみならず、必要な審査能力を備える公平中立な民間機関（指定確認検査機関）も行うことができます。
この機関の指定は、東京都の区域でのみ確認検査業務を行う機関については、都知事、関東地方整備局の管轄区域（茨城県、栃木県、群馬県、埼玉県、千葉県、東京都、神奈川県、山梨県、長野県、静岡県）で確認検査の業務を行う機関については、関東地方整備局長、二以上の地方整備局の管轄区域で確認検査の業務を行う機関については、国土交通大臣が指定を行っています。
東京都で指定している機関は、下記のとおりです。
（平成24年4月現在）
| 指定の番号 | 東京都知事第１号 |
| 名称 | 公益財団法人東京都防災・建築まちづくりセンター |
| 住所及び確認検査 業務を行う事務所 の所在地 |
東京都渋谷区渋谷二丁目１７番５号 シオノギ渋谷ビル８階 |
| 業務区域 | 東京都の全域 |
| 指定の有効期間 | 平成２１年５月１３日から５年間（指定の更新済み） |
| 取り扱う業務 | すべての建築物及び付帯する建築設備、工作物の確認審査、中間検査、完了検査 |
| 指定の番号 | 東京都知事第３号 |
| 名称 | 株式会社 高良GUT |
| 住所及び確認検査 業務を行う事務所 の所在地 |
東京都新宿区三栄町２３番地１ ライラック三栄ビル４階 |
| 業務区域 | 東京都の全域（島しょを除く） |
| 指定の有効期間 | 平成２３年９月２０日から５年間（指定の更新済み） |
| 取り扱う業務 | 床面積の合計が2,000 以内で高さが20m以内の建築物及び付帯する建築設備、工作物の確認審査、中間検査、完了検査 |